BLASTX nr result
ID: Ophiopogon27_contig00035061
seq
BLASTX 2.2.26 [Sep-21-2011]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= Ophiopogon27_contig00035061
(570 letters)
Database: All non-redundant GenBank CDS
translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF excluding environmental samples
from WGS projects
149,584,005 sequences; 54,822,741,787 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
gb|AEH16525.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Ophi... 372 e-129
gb|AEH16520.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Liri... 370 e-129
gb|AEX94268.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Liriope spicata] 370 e-129
gb|AEX94269.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Ophiopogon ja... 370 e-129
ref|YP_009183237.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Polygona... 370 e-129
gb|AEX94270.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Ruscus aculea... 370 e-129
ref|YP_009432341.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Polygona... 369 e-128
gb|APO11424.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Behnia reticu... 368 e-128
gb|AEH16538.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Yucc... 368 e-128
gb|AEH16529.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Poly... 368 e-128
ref|YP_009431257.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Maianthe... 368 e-128
gb|AEX94265.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Beaucarnea ho... 367 e-128
gb|AEH16536.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Host... 367 e-127
gb|AEH16533.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Aspa... 366 e-127
ref|YP_009327341.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Agave am... 367 e-127
gb|AEX94259.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Ledebouria co... 367 e-127
gb|AEH16539.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Scil... 366 e-127
gb|AEH16534.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Aspa... 366 e-127
ref|YP_009432512.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Barnardi... 366 e-127
gb|AEX94274.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Brodiaea cali... 366 e-127
>gb|AEH16525.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Ophiopogon japonicus]
Length = 216
Score = 372 bits (954), Expect = e-129
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>gb|AEH16520.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Liriope muscari]
gb|AEH16521.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Liriope spicata]
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Score = 370 bits (951), Expect = e-129
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>gb|AEX94268.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Liriope spicata]
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>gb|AEX94269.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Ophiopogon japonicus]
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>ref|YP_009183237.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Polygonatum verticillatum]
ref|YP_009236398.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Polygonatum sibiricum]
gb|ALM87744.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Polygonatum verticillatum]
gb|AMF84100.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Polygonatum sibiricum]
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>gb|AEX94270.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Ruscus aculeatus]
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>ref|YP_009432341.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Polygonatum stenophyllum]
gb|ATB18596.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Polygonatum stenophyllum]
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>gb|APO11424.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Behnia reticulata]
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>gb|AEH16538.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Yucca filamentosa]
Length = 216
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Sbjct: 181 IREGR 185
>gb|AEH16529.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Polygonatum odoratum
var. pluriflorum]
Length = 216
Score = 368 bits (944), Expect = e-128
Identities = 184/185 (99%), Positives = 184/185 (99%)
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Sbjct: 181 IREGR 185
>ref|YP_009431257.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Maianthemum bicolor]
gb|AEX94272.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Maianthemum stellatum]
gb|ASW26693.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Maianthemum bicolor]
Length = 220
Score = 368 bits (944), Expect = e-128
Identities = 183/185 (98%), Positives = 184/185 (99%)
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Query: 555 IREGR 569
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Sbjct: 181 IREGR 185
>gb|AEX94265.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Beaucarnea hookeri]
Length = 220
Score = 367 bits (942), Expect = e-128
Identities = 182/185 (98%), Positives = 183/185 (98%)
Frame = +3
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Sbjct: 121 KPYGHPNILAEYMASQLRNRVSFRKAMKRAIELTEQTDTKGIQIQIAGRIDGKEIARVEW 180
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Sbjct: 181 IREGR 185
>gb|AEH16536.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Hosta minor]
gb|AEH16537.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Hosta yingeri]
Length = 216
Score = 367 bits (941), Expect = e-127
Identities = 183/185 (98%), Positives = 183/185 (98%)
Frame = +3
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Sbjct: 121 KPYGHPNILAEYMASQLRNRVSFRKAMKRAIELTEQTDTKGIQIQIAGRIDGKEIARVEW 180
Query: 555 IREGR 569
IREGR
Sbjct: 181 IREGR 185
>gb|AEH16533.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Asparagus
cochinchinensis]
Length = 210
Score = 366 bits (940), Expect = e-127
Identities = 182/185 (98%), Positives = 183/185 (98%)
Frame = +3
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GIARIEIQKRIDL+QVIIYIGFPNLLIEGRTRGIEELQMNVQKEF SVNRRLNIAITRIE
Sbjct: 61 GIARIEIQKRIDLVQVIIYIGFPNLLIEGRTRGIEELQMNVQKEFRSVNRRLNIAITRIE 120
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KPYGHPNILAEYMASQLRNRVSFRKAMKRAIELTEQTDTKGIQIQIAGRIDGKEIARVEW
Sbjct: 121 KPYGHPNILAEYMASQLRNRVSFRKAMKRAIELTEQTDTKGIQIQIAGRIDGKEIARVEW 180
Query: 555 IREGR 569
IREGR
Sbjct: 181 IREGR 185
>ref|YP_009327341.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Agave americana]
ref|YP_009334358.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Agave attenuata]
ref|YP_009334867.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Hesperaloe campanulata]
ref|YP_009334951.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Hesperaloe parviflora]
ref|YP_009432679.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Hosta minor]
gb|AFB18575.1| ribosomal protein S3, partial (plastid) [Hesperaloe parviflora]
gb|AOV94075.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Agave americana]
gb|APO11168.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Agave attenuata]
gb|APO11925.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Hesperaloe campanulata]
gb|APO12009.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Hesperaloe parviflora]
gb|ATB18934.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Hosta minor]
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>gb|AEX94259.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Ledebouria cordifolia]
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>gb|AEH16539.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Scilla scilloides]
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Identities = 182/185 (98%), Positives = 183/185 (98%)
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IREGR
Sbjct: 181 IREGR 185
>gb|AEH16534.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Asparagus oligoclonos]
gb|AEH16535.1| ribosomal protein S3, partial (chloroplast) [Asparagus
schoberioides]
Length = 216
Score = 366 bits (940), Expect = e-127
Identities = 182/185 (98%), Positives = 183/185 (98%)
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IREGR
Sbjct: 181 IREGR 185
>ref|YP_009432512.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Barnardia japonica]
gb|ATB18767.1| ribosomal protein S3 (chloroplast) [Barnardia japonica]
Length = 220
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Identities = 182/185 (98%), Positives = 183/185 (98%)
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IREGR
Sbjct: 181 IREGR 185
>gb|AEX94274.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Brodiaea californica]
gb|AEX94276.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Dichelostemma congestum]
gb|AEX94277.1| ribosomal protein S2 (chloroplast) [Dichelostemma ida-maia]
Length = 220
Score = 366 bits (940), Expect = e-127
Identities = 182/184 (98%), Positives = 183/184 (99%)
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MGQKINPLGFRLGTTQNHHSFWF QPKNFSVGLQEDEKIRNCIKNYVQKNKRISPGFEGI
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KPYGHPNILAEYMASQLRNRVSFRKAMKRAIELTEQTDTKGIQIQIAGRIDGKEIARVEW
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IREG
Sbjct: 181 IREG 184